为了适应学校的发展及学科建设，1983年原南京化工学院将基础课部的无机化学、有机化学、分析化学、物理化学教研室和原化工系的腐蚀与防护教研室、水质稳定研究室合并组成应用化学系，保留腐蚀与防护专业。
1985年在应用化学系中增设了工业分析、生物化工专业。
1994年生物化工专业独立另设生命科学与工程系。
1995年南京化工学院更名为南京化工大学。
为了适应本科专业目录的修订，1998年腐蚀与防护专业合并进入材料学院。
2000年原南京化工大学应用化学系与其基础课部的数学、物理教研室合并成立南京化工大学理学院。
2000年南京化工大学理学院增设信息与计算科学专业，工业分析专业改造为应用化学专业。同时成立信息与计算科学系、应用化学系和物理教研室。原水质稳定研究室经改造成立水处理技术研究所。还设立了应用化学研究所。
1980年原南京建筑工程学校升格为本科层次的南京建筑工程学院。
2001年5月原南京化工大学与原南京建筑工程学院合并组成新利18彩票 。2002年3月，原南京化工大学理学院与原南京建筑工程学院基础课部的数学、物理和化学教研室合并组成新利18彩票 理学院。

2015年5月原新利18彩票 理学院数学、物理学科和原新利18彩票 力学部合并组成新利18彩票 数理科学学院。