研究院下设化学合成、纳米制造、工业催化、药物创制研究所。研究所以学术顾问委员会为战略指引，以院务会议为主要决策机制，遵循责权利相统一、科学管理与分工协作原则，努力打造机构精简、职能清晰、运行高效的管理体系。

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